基督教于同治十一年传入本县。

美国教士司徒牧师最先来衢，租城内四眼井民房为教堂，至同治二十五年，改建成西式洋房。

光绪二十六年衢州教案中被焚毁，传教处干低潮。

民国十六年，由澳大利亚牧师主持教会。

民国三十年，教会交给中国信徒主持抗日战争胜利后，加拿大籍牧师主持传教。

1949年初，有法、加籍传教士3名，牧师、长老等10多名，教徒390名。

1952年，政府通知教会外籍人员回国，至此尚有教徒135人。

1959年7月女传道赴新疆，教会活动停止。

1980年开始，在城关和化信徒家中设立聚会点。

1985年4月，建立基督教三自爱国运动委员会并陆续开放市区、上叶、万青聚会点。

至此，共有信徒1529人。

主要教堂有：福音堂，在今蛟池街，原称内地会。抗战时期，敌机空袭，礼拜堂被震毁，战后集资修建，改称福音堂。几经修复完好，现基督教三自爱国运动委员会和教务委员会设此。

大洲耶稣堂建于光绪十八年，宜统元年在大洲镇二村建立新堂，今大洲聚会点在此。

荷花塘沿耶稣堂在城北三十里，光绪二十六年建，今无存。

河东耶稣堂在河东乡下河东村，约在光绪后期，由马家祠堂改建，现为河东聚会点。

真神堂神召会建于民国八年，英国教士在止马湾建立真神堂神召会，十三年在新桥街青石牌楼底建新堂一所，十六年起改为军事用房。